芗城区纪委监委组织机构包括：内设职能部门、直属单位和派驻(出)纪检监察组。
一、内设职能部门
内设职能部门具体为：办公室、组织和宣传部、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第六纪检监察室、案件审理室、纪检监察干部监督室。
二、直属单位
芗城区党风廉政电化教育中心
三、派驻(出)纪检监察组
1、芗城区纪委监委驻区委办公室纪检监察组
2、芗城区纪委监委驻区政府办公室纪检监察组
3、芗城区纪委监委驻区人大常委会机关纪检监察组
4、芗城区纪委监委驻区委宣传部纪检监察组
5、芗城区纪委监委驻区人力资源和社会保障局纪检监察组
6、芗城区纪委监委驻区财政局纪检监察组
7、芗城区纪委监委驻区住房和城乡建设局纪检监察组
8、芗城区纪委监委驻区教育局纪检监察组
9、芗城区纪委监委驻区卫生健康局纪检监察组
10、芗城区纪委监委驻区市场监督管理局纪检监察组
11、芗城区纪委监委驻区人民法院纪检监察组
12、芗城区纪委监委驻区人民检察院纪检监察组
13、芗城区区直机关纪检监察工委
14、中共芗城区纪委金峰开发区工作委员会、芗城区监察委员会金峰开发区监察组
四、内设部门职责简介
办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草区纪委监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况。负责机关后勤管理、财务管理、国有资产管理和安全保卫工作；负责机关及派驻(出)机构涉案财物保管，负责机关及直属单位干部职工医疗和卫生防疫工作。负责机关和直属单位党群工作。负责综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究；起草重要文件文稿。负责纪检监察法规制度的咨询答复、解释指导等。
组织和宣传部：负责全区纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；根据干部管理权限承办有关干部人事工作；组织和指导全区纪检监察系统干部教育培训工作。负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作。负责离退休干部工作等。归口管理机关外事工作。
党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、问责等方面工作等。
信访室：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索以及下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；归口管理审查调查有关协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查全区纪检监察机关依纪依法安全办案情况。承担全区反腐败国际追逃追赃和防逃工作的组织协调等。
第一至第六纪检监察室：主要履行依纪依法监督、执纪审查和依法调查处置的职责。监督检查联系单位(镇街)领导班子及区管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位(镇街)党(工)委(党组)落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委监委派驻(出)机构和镇(街)纪(工)委落实纪检、监察责任，实施问责；向监察对象所在单位提出监察建议；综合分析研判问题线索，按程序提出处置意见；综合、协调、指导联系单位(镇街)及其系统的纪检监察工作等。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议；可以办理镇(街)监察机关管辖范围内的监察事项，必要时也可以办理所辖全区各级监察机关管辖范围内的监察事项等。
案件审理室：负责审理区纪委监委直接审查调查和乡科级党的组织、纪检监察机关报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件；承办党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件等。
纪检监察干部监督室：负责监督检查全区纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对全区纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。